Nė vitet e fundit tė shek. XIX u shtuan lakmitė e shteteve fqinje ndaj Shqipėrisė dhe ndėrhyrjet e fuqive tė mėdha nė Ballkan. Fillimisht u acarua e ashtuquajtura ēėshtje maqedonase, e cila, pėr nga emėrtimi, dukej se kishte tė bėnte vetėm me Maqedoninė, por nė tė vėrtetė ajo lidhej drejtėpėrsėdrejti edhe me Shqipėrinė dhe tėrėsinė e saj territoriale, mė konkretisht me vilajetet e Manastirit e tė Kosovės, qė shpesh i konsideronin Maqedoni, ndonėse shumica dėrmuese e popullsisė nė to ishte shqiptare.
Meqenëse Maqedonia në atë kohë nuk përbënte një njësi administrative - territoriale më vete, por ishte e ndarë në vilajete e sanxhaqe të ndryshme, monarkitë ballkanike (Serbia, Greqia dhe Bullgaria) përpiqeshin, secila për vete, të përfshinin sa më shumë toka shqiptare e maqedonase, që nuk u takonin atyre, duke përdorur mjete nga më të ndryshmet, që nga ,,argumentet historike e të dhënat e falsifikuara etnike, e deri te bandat e armatosura. Një qëndrim i tillë jo vetëm që i kundërvuri ato me popullin shqiptar e maqedonas, por shkaktoi edhe fërkime e grindje ndërmjet vetë këtyre shteteve. Për të qetësuar lëvizjen antiosmane të popullit maqedonas dhe për të shmangur ndërhyrjet e shteteve të huaja në Maqedoni, sulltani shpalli, në prill 1896, dekretin ,,Mbi reformat në vilajetet e Rumelisë. Këto ,,reforma do të zbatoheshin në vilajetet e Manastirit, të Kosovës dhe të Selanikut, të cilat edhe sulltani i përfshinte nën emërtimin Maqedoni. Masat e parashikuara nuk e ndryshuan gjendjen, sepse ato nuk plotësonin kërkesat e popullit maqedonas. Mirëpo përfshirja e vilajeteve të Manastirit e të Kosovës në zonën e reformave do të thoshte se ato zyrtarisht njiheshin si toka maqedonase. Në këtë mënyrë po shfaqej përsëri rreziku i copëtimit të trojeve shqiptare.
Kërkesat për autonominë e Shqipërisë (1896 - 1898)
Rreziku i ri i copëtimit të trojeve shqiptare i dha një nxitje të re luftës së popullit shqiptar për mbrojtjen e tërësisë tokësore të atdheut dhe për të drejtat kombëtare. Shqiptarët kundërshtuan me vendosmëri si pretendimet territoriale të shteteve fqinje, ashtu edhe ,,reformat maqedonase të shpallura nga sulltani. Në të vërtetë ata nuk ishin kundër reformave në vetvete dhe as kundër zbatimit të tyre për popullin maqedonas, por nuk mund të pranonin në asnjë mënyrë përfshirjen e tokave shqiptare në zonën e reformave maqedonase. Patriotët rilindas, ashtu si në kohën e Lidhjes së Prizrenit, shtruan përsëri programin për autonomi dhe filluan përpjekjet për të formuar një lidhje të re shqiptare, që të vihej në krye të luftës për tu mbrojtur nga copëtimi dhe për të realizuar autonominë.
Në memorandumet që iu parashtruan Portës së Lartë dhe fuqive të mëdha nga shqiptarët brenda dhe jashtë vendit, në vija të përgjithshme kërkohej njohja e kombësisë shqiptare dhe bashkimi i katër vilajeteve: i Shkodrës, i Kosovës, i Manastirit dhe i Janinës në një vilajet të vetëm, në të cilin gjuha shqipe do të përdorej në administratë dhe në shkolla. Parashikoheshin gjithashtu disa reforma në fushën politike, arsimore e administrative. Kërkesat për reforma ndryshonin ndërmjet tyre. Disa ishin më të kufizuara dhe disa më të plota. Kërkesat më të përparuara u paraqitën nga shoqëria ,,Dëshira e Sofjes, nga shoqëria ,,Dituria e Bukureshtit dhe nga Komiteti Shqiptar i Stambollit. Këto kërkesa përshkoheshin nga idetë kombëtare e demokratike të Rilindjes dhe shprehnin aspiratat e popullit shqiptar për liri e përparim. Madje manifesti ,,Çduan shqiptarët, i lëshuar në pranverën e vitit 1897 nga Komiteti i Stambollit, i parashtronte Europës dy variante të mundshme për zgjidhjen e çështjes shqiptare: sigurimin e autonomisë, në qoftë se ruhej ende status quo-ja dhe formimin e një shteti të pavarur shqiptar në rast se ,,Europa do të dojë ti japë fund kësaj Perandorie që po heq shpirt. Por kërkesat e viteve 1896 - 1898 për njohjen e kombit shqiptar dhe të të drejtave të tij të ligjshme nuk u morën parasysh as nga qeveria e Stambollit, as nga fuqitë e mëdha.
Formimi i Lidhjes së Pejës dhe programi i saj
Duke qenë se rreziku i copëtimit të tokave shqiptare po rritej dhe kërkesat për autonomi nuk po merreshin parasysh, rrethet patriotike shqiptare shtruan si detyrë krijimin e një organizate të re, si ajo e Lidhjes së Prizrenit, që të përfshinte të gjithë vendin dhe të vihej në krye të Lëvizjes Kombëtare. Përpjekjet e para filluan që në vjeshtën e vitit 1896. Në krye të kësaj të kësaj nisme u vu Haxhi Zeka, një nga udhëheqësit më të shquar të Lëvizjes Kombëtare në vilajetin e Kosovës dhe në mbarë Shqipërinë. Atdhetarët shqiptarë, të udhëhequr nga Haxhi Zeka, arritën që në shkurt - mars 1897 të hidhnin themelet e një lidhjeje të re ose, siç quhej në dokumentet e asaj kohe, Besëlidhjes Shqiptare (në një mbledhje që u organizua në Gjakovë). Në nëntor 1897 u organizua një mbledhje tjetër në Pejë, ku morën pjesë 500 përfaqësues të popullsisë së Kosovës. Mirëpo Porta e Lartë, e cila e kuptoi rrezikun që mund ti vinte nga një lëvizje e organizuar shqiptare (e cila edhe kishte program kombëtar), mori masa të rrepta për shpërndarjen e Besëlidhjes.
Në fund të vitit 1898 dhe në fillim të vitit 1899, acarimi i ri i ,,çështjes maqedonase dhe ndërhyrja e shteteve fqinje në vilajetet shqiptare, i nxitën përpjekjet për krijimin e një lidhjeje shqiptare. Më 23 janar 1899 në Pejë u mblodh një kuvend i madh, ku morën pjesë rreth 500 veta të ardhur kryesisht nga vilajeti i Kosovës, si dhe disa përfaqësues të vilajeteve të Manastirit e të Janinës. Në këtë kuvend, që vazhdoi 6 ditë, u formua lidhja e re shqiptare që u quajt Lidhja e Pejës ose Besa-Besë. Kryetar i saj u zgjodh Haxhi Zeka, i cili edhe i drejtoi punimet e kuvendit. Në vendimet e Kuvendit të Pejës (Kararnameja prej 11 pikash), si detyrë kryesore shtrohej lufta kundër çdo orvatjeje të Serbisë, të Bullgarisë, të Greqisë dhe të Malit të Zi për copëtimin e tokave shqiptare. Rryma patriotike e kryesuar nga Haxhi Zeka shtroi edhe çështjen e autonomisë, por, për shkak të rrezikut të copëtimit dhe qëndrimit të elementëve konservatorë e turkomanë, ajo nuk u përfshi në vendimet e para. Në vendime kërkohej që Lidhja të formonte degët e saj dhe të shtrinte veprimtarinë në gjithë Shqipërinë. Kuvendi shpalli gjithashtu Besën për një vit, me qëllim që të ndërpriteshin hakmarrjet, grindjet etj.
